Những tiết lộ về CIA và quân đội đã khiến một số đối tượng hoặc những người sống sót đệ đơn kiện chính phủ liên bang vì đã chỉ đạo các thí nghiệm mà không có sự chấp thuận có hiểu biết. Mặc dù chính phủ tích cực, và đôi khi thành công, tìm cách trốn tránh trách nhiệm pháp lý, vài nguyên đơn đã nhận được bồi thường thông qua lệnh của tòa án, dàn xếp ngoài tòa, hoặc các đạo luật của Quốc hội. Gia đình của Frank Olson đã nhận được 750.000 đô la nhờ một đạo luật đặc biệt của Quốc hội, và cả tổng thống Ford và giám đốc CIA William Colby đã gặp gia đình Olson để xin lỗi công khai.

Trước đây, CIA và quân đội đã tích cực và thành công tìm cách giấu thông tin buộc tội, ngay cả khi họ đã bí mật cung cấp tiền bồi thường cho các gia đình. Một đối tượng thử nghiệm thuốc trong quân đội, James Stanley, một trung sĩ quân đội, đã kiện một vụ quan trọng, mặc dù không thành công. Chính phủ lập luận rằng Stanley bị cấm kiện theo học thuyết Feres .

Vào năm 1987, Tòa án Tối cao đã khẳng định sự bào chữa này trong quyết định 5–4 bác bỏ vụ án của Stanley: United States v. Stanley.[91] Đa số lập luận rằng "một cuộc kiểm tra trách nhiệm pháp lý phụ thuộc vào mức độ của các vụ kiện cụ thể sẽ đặt ra câu hỏi về kỷ luật quân đội và bản thân việc ra quyết định sẽ đòi hỏi sự điều tra tư pháp, và do đó xâm phạm vào các vấn đề quân sự." Bất đồng với quan điểm này, thẩm phán William Brennan lập luận rằng sự cần thiết phải duy trì kỷ luật quân đội không nên bảo vệ chính phủ khỏi trách nhiệm pháp lý và sự trừng phạt đối với những vi phạm nghiêm trọng các quyền hiến pháp:

Các phiên tòa y tế tại Nuremberg vào năm 1947 đã gây ấn tượng sâu sắc với thế giới rằng việc thí nghiệm với các đối tượng con người không có ý thức là không thể chấp nhận được về mặt đạo đức và pháp lý. Tòa án Quân sự Hoa Kỳ đã lập ra Quy tắc Nuremberg như một tiêu chuẩn để đánh giá các nhà khoa học Đức đã thí nghiệm với các đối tượng là con người... Bất chấp nguyên tắc này, các quan chức tình báo quân đội ... đã bắt đầu lén lút thử nghiệm các vật liệu hóa học và sinh học, bao gồm LSD.

Thẩm phán Sandra Day O'Connor, viết một bài bất đồng quan điểm riêng, tuyên bố:

Không có quy tắc nào được xây dựng theo phương pháp tư pháp nên tránh khỏi trách nhiệm pháp lý đối với thí nghiệm lên con người không tự nguyện và không có ý thức, điều đã bị cáo buộc là đã xảy ra trong trường hợp này. Thật vậy, như thẩm phán Brennan nhận xét, Hoa Kỳ đóng một vai trò quan trọng trong việc truy tố hình sự các quan chức Đức Quốc xã đã thí nghiệm đối tượng con người trong suốt Chiến tranh thế giới thứ hai, và các tiêu chuẩn mà Tòa án quân sự Nuremberg đã phát triển để xét đoán hành vi của các bị cáo đã tuyên bố 'sự chấp thuận tự nguyện của đối tượng con người là hoàn toàn cần thiết ... để thỏa mãn các quan niệm luân lý, đạo đức và pháp lý.' Nếu nguyên tắc này bị vi phạm, điều tối thiểu mà xã hội có thể làm là thấy các nạn nhân được bồi thường tốt nhất có thể, bởi những kẻ đã gây ra.

Trong vụ kiện khác, Wayne Ritchie, một cựu cảnh sát tư pháp Hoa Kỳ, sau khi nghe về sự tồn tại của dự án vào năm 1990, đã cáo buộc CIA đã tẩm LSD vào thức ăn hoặc đồ uống của ông tại một bữa tiệc Giáng sinh năm 1957 dẫn đến việc ông thực hiện một vụ cướp tại một quán bar và bị bắt giữ sau đó. Trong khi chính phủ thừa nhận là vào thời điểm đó, đã đánh thuốc mọi người mà không có sự chấp thuận của họ, thẩm phán quận Hoa Kỳ Marilyn Hall Patel nhận thấy Ritchie không thể chứng minh ông là một trong những nạn nhân của MKUltra hoặc LSD đã gây ra vụ cướp của ông và đã bác bỏ vụ kiện vào năm 2005.[92]